Né le 30 décembre 1935 sous le nom d’Albert-Bernard BONGO dans la province du Haut-Ogooué à LEWAÏ (depuis rebaptisée BONGOVILLE), il est le benjamin d’une famille d’agriculteurs de douze enfants, issue des ethnies BATÉKÉ et OBAMBA.
Il fit ses études secondaires à BRAZZAVILLE, ancienne capitale de l’Afrique équatoriale française (AEF) avant d’intégrer la fonction publique et de prendre service au TCHAD.
Après son service militaire (de 1958 à 1960), qu'il conclut au grade de lieutenant, il rejoint l'armée de l'air, puis les services secrets français, tout en intégrant les PTT de Libreville.
En s'impliquant dans les élections législatives de 1961, il est repéré par Jean-Hilaire Aubame, ministre des Affaires étrangères, qui l'intègre à son cabinet. Le président Léon Mba le repère alors à son tour, et lui confie la direction-adjointe, puis, en octobre 1962, la direction de son cabinet.
En 1965, il fait son entrée dans le gouvernement comme ministre délégué à la présidence de la République, puis responsable de la Défense nationale et de la Coordination avant d’être nommé vice-président du Gabon en 1967.
La même année, il accède au pouvoir, à l’âge de 32 ans, après la mort du président LÉON MBA, et devient ainsi le deuxième président du pays qu’il dirigera pendant 42 ans, jusqu’à sa mort.
Très vite, le président BONGO imprime à l’Etat gabonais sa marque en instaurant le régime du parti unique en 1968, et crée le Parti démocratique du Gabon (PDG).
En 1973, il se convertit à l’Islam et se fait appeler EL HADJ OUMAR BONGO, nom auquel il ajoutera en 2003, le patronyme de son père, ODIMBA. Candidat unique aux présidentielles de 1973, 1979 et 1986, le président BONGO est réélu à chaque fois avec presque 99 pour cent des voix.
En 1973, il se convertit à l’Islam et se fait appeler EL HADJ OUMAR BONGO, nom auquel il ajoutera en 2003, le patronyme de son père, ODIMBA.
Candidat unique aux présidentielles de 1973, 1979 et 1986, le président BONGO est réélu à chaque fois avec presque 99 pour cent des voix.
C'est la période des grands chantiers pour doter le Gabon d'infrastructures de transport et logistique indispensable au développement du pays : chemin de fer, port en eau profonde d'Owendo.
En 1990, il instaure le multipartisme à l’issue d’une conférence nationale, organisée sous la pression populaire.
En septembre de la même année, il organise des élections législatives pluralistes boycottées par l’opposition, ce qui a permis à son parti, le PDG, de conserver la majorité absolue à l’Assemblée nationale.
Il remporte ensuite, dès le premier tour, l’élection présidentielle de décembre 1993 avec 51,07 pour cent des voix, puis celle de 1998, avec 66,86 pour cent des voix.
À partir des années 1980, Omar Bongo, considéré comme un « sage » du continent africain, met à profit son expérience politique en se proposant comme médiateur dans divers conflits, aussi bien entre États africains, qu'internes à un État particulier. Ainsi, en 1988, il organise à Libreville une rencontre entre le président angolais José Eduardo Dos Santos et le dirigeant congolais Denis Sassou Nguesso, dont les pays respectifs sont en guerre depuis treize ans, rencontre qui aboutit à un traité de paix historique. En Afrique du Sud, Bongo ne ménage pas son soutien à Nelson Mandela, alors en lutte contre le régime de l'apartheid. En 1997, il tente en vain, au Zaïre, de réconcilier Mobutu et Kabila. Depuis la fin des années 1990, il œuvre à une réconciliation entre le Tchad et le Soudan. En 2008, il parvient à mettre un terme à une guerre civile qui durait depuis plusieurs années en Centrafrique en arrachant aux belligérants un « Pacte de réconciliation nationale ». Il échoue en revanche au Congo où se déroulait une terrible guerre civile entre son ami Sassou Nguesso et son autre ami Pascal Lissouba ; sommé de choisir son camp au nom de l'amitié, il s'en sort en aidant les deux combattants, ce qui n'a pas été bénéfique à la paix.
Outre la France, Omar Bongo a également tissé des relations politiques et économiques étroites avec le Maroc (il a été très ami avec le roi Hassan II), le Congo-Brazzaville et la Chine, et s'est lié d'amitié avec les présidents sénégalais Abdou Diouf et Abdoulaye Wade, le président éthiopien Meles Zenawi, l'ancien président malien Alpha Oumar Konaré, l'ancien président ghanéen John Kufuor, l'ex-président mozambicain Joaquim Chissano, le médiateur burkinabè des Nations unies au Darfour, Djibril Bassolé, le président burkinabè Blaise Compaoré, le Guide libyen Mouammar Kadhafi, le président tchadien Idriss Déby Itno, le président centrafricain François Bozizé, le président zimbabwéen Robert Mugabe, le président gambien Yahya Jammeh, le président togolais Faure Gnassingbé, ou encore le roi d'Espagne Juan Carlos.
En 2008, il parvient à faire élire son ami et compatriote Jean Ping à la tête de la Commission de l'Union africaine.
À peine élu, le 7 mai 2007, Nicolas Sarkozy l'a appelé pour le remercier de « ses bons conseils », puis l'a reçu à l'Élysée, et a ordonné à tout son gouvernement de passer saluer le doyen des « amis de la France ». Deux mois plus tard, l'amitié entre Nicolas Sarkozy et Omar Bongo se confirme, puisque c'est Libreville que le président français choisit pour clore sa première tournée africaine, le 27 juillet 2007. La semaine précédente, il a obtenu un accord du Club de Paris qui allège d'au moins 15 % la dette gabonaise.
Il décède le 08 juin 2009 à Barcelone à l'âge de 73 ans.